一是明确了水运管理职责。省厅负责全省水运建设的行业管理及省管项目的监督管理工作，各市州交通运输主管部门负责本行政区域内市州管项目的监督管理工作。二是明确了施工图审查报批程序。施工图设计文件实行双院制审查制度，省管项目由省水运管理局组织审查，厅审批；市州管项目由市州交通运输局审批。三是明确了招投标备案程序。国家批准或核准的省管项目，由项目业主按交通运输部规定办理；省属相关单位成立项目业主组织实施的省管项目，由项目业主报省交通运输厅备案；市州相关单位(企业)成立项目业主组织实施的项目，由项目业主报所在市州交通运输主管部门备案。四是明确了开工备案程序。要求及时办理开工备案手续，严禁未批先建，开工备案按以下程序办理：国家批准或核准的省管项目，由省交通运输厅初审合格后，报交通运输部备案；省属单位成立项目业主的省管项目，报省交通运输厅备案；市州相关单位(企业)成立项目业主组织实施的省管项目，由所在市州交通运输主管部门初审合格后，报省交通运输厅备案；市州管项目，报市州交通运输主管部门备案。五是明确了设计变更管理权限。设计变更分重大变更、较大变更、一般变更，其中省管项目的重大设计变更由省交通运输厅审批或上报交通运输部审批(国家批准或核准的项目)；省管项目的较大设计变更由省水运管理局审批；一般设计变更由项目业主负责审批；市州管项目的设计变更管理由市州交通运输主管部门负责。此外，该文件对加强水运建设市场监管，促进水运工程项目建设有序推进，规范交竣工验收及信息报送等方面也进行了明确。