《指导意见》提出，在指导思想上，要围绕加快转变交通运输发展方式这条主线，突出加快建设综合运输体系和提升物流服务品质两大战略重点，构建衔接顺畅的基础设施体系、互联互通的物流信息体系和公平规范的市场环境体系三大体系，把握调整运输结构、优化运输组织、提升装备水平和整合物流资源四个着力点。在基本原则上，要坚持“市场为主、政府引导；统筹规划、稳步推进；创新驱动、因地制宜；立足行业、协同发展”。在发展目标上，到2020年基本建成便捷高效、安全绿色的交通运输物流服务体系，基本适应我国经济社会发展需求。

《指导意见》结合新时期交通运输行业发展面临的新形势和新要求，从基础设施、运输组织、运输装备、市场主体、信息化、重点领域、市场环境等方面，提出了今后一个时期推进现代物流业健康发展的七大主要任务，从加强组织领导、完善统计体系、加大政策支持、注重人才培养、发挥协会作用等五个方面提出了具体的保障措施。